延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
故事发生在一个虚构的王国之中，在那里，居住着一群活泼善良的青蛙。四年一度的运动会即将来临，往届的运动会中，最终的冠军可以成为保护王国的勇士，而这一次，获胜者则能够迎娶蛙国的公主，因此，全国上下的勇士们纷纷摩拳擦掌，准备大干一番。 让大家没有想到的是，在这个节骨眼上，青蛙公主竟然离家出走，亦成为了参加运动会的一员，她遇见了强劲的对手闪电蛙，两人你争我斗，好不热闹。就在蛙国上下一片生机勃勃之时，隔壁的蛇国国王却在酝酿一个险恶的阴谋，它曾经被蛙国国王斩断了尾巴，希望借此机会一雪前耻。蛇国国王派出了蛙国的叛徒参加了运动会，紧张的气氛一触即发。
