延续前一集的剧情,狮子亚历克斯(本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音)、斑马马蒂(克里斯·洛克 Chris Rock 配音)、长颈鹿迈尔曼(大卫·休默 David Schwimmer 配音)、河马格洛里亚(贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音)以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。
故事发生在一个虚构的王国之中,在那里,居住着一群活泼善良的青蛙。四年一度的运动会即将来临,往届的运动会中,最终的冠军可以成为保护王国的勇士,而这一次,获胜者则能够迎娶蛙国的公主,因此,全国上下的勇士们纷纷摩拳擦掌,准备大干一番。 让大家没有想到的是,在这个节骨眼上,青蛙公主竟然离家出走,亦成为了参加运动会的一员,她遇见了强劲的对手闪电蛙,两人你争我斗,好不热闹。就在蛙国上下一片生机勃勃之时,隔壁的蛇国国王却在酝酿一个险恶的阴谋,它曾经被蛙国国王斩断了尾巴,希望借此机会一雪前耻。蛇国国王派出了蛙国的叛徒参加了运动会,紧张的气氛一触即发。